Hijo de padres italianos, Juan Doffo comienza su actividad artística a los 11 años en forma autodidacta realizando historietas en su pequeño pueblo natal, Mechita, dentro de la llanura pampeana de la provincia de Buenos Aires. A esa edad comienza a estudiar por correspondencia los cursos que desde Buenos Aires dictaba la Escuela Panamericana de Arte y a través de ella tiene contacto con grandes maestros de la historieta, como Alberto Breccia, Hugo Pratt, Oesterheld y otros. A la vez empezó a incursionar en el mundo de la ilustración conociendo las obras de José Luis Salinas, Arturo del Castillo, etc. Su fuente de conocimiento inicial del arte universal fue la ya mítica Pinacoteca de los Genios que encargaba a la gente que viajaba a la ciudad de Buenos Aires. El paisaje de su pueblo, el vasto escenario de la pampa, fueron la inspiración para sus tempranas pinturas. Radicado en Buenos Aires en 1971 y mientras estudia en la Escuela Nacional de Bellas Artes Prilidiano Pueyrredón, comienza a profundizar los conceptos sobre el espacio pictórico que será fundamental en su obra posterior. Realiza estudios de religiones comparadas y de Filosofía. Se siente cerca de la obra de Julius Bissier, Paul Klee y Xul Xolar. Sentía que el cambio en el hombre se debe dar tanto en el interior del ser como en lo social, por eso se acerca tanto al pensamiento de Paulo Freire y estudia la realidad social de los países latinoamericanos, como a la palabra de místicos como Krishnamurti, Gurdieff, el Zen y el Taoísmo. Sin duda, las preguntas sobre el hombre y su ubicación en el cosmos van a ser constantes en su obra plástica. Apenas llega a Buenos Aires, compra su primer cámara de fotos para documentar el paisaje de su pueblo, donde dibuja y pinta los fines de semana, y el resto de la semana lo hace en Buenos Aires. Su obra se centraliza en el paisaje de su región natal.
En 1979, realiza su primer muestra individual en la legendaria Galería Witcomb. Obtiene varios premios y en el año 1980 le otorgan el Premio Beca Banco del Acuerdo en un certamen organizado por el Museo Nacional de Bellas Artes, que le permite vivir durante todo el año 1981 en Europa y E.E.U.U. Allí tiene acceso al conocimiento directo de los grandes maestros clásicos y contemporáneos. Redescubre a Marcel Duchamp y a Joseph Beuys. Viaja por casi todos los países de Europa Occidental y reparte su tiempo entre Amsterdam y París. Trabaja mucho en Italia, en la tierra de su padre, y en los pueblos antiguos medievales. La memoria del tiempo se inscribe en las obras de Doffo e incorpora fragmentos de mapas de geografías vivenciadas. El artista va insertándose en un diálogo de integración entre un arte postconceptual y el rescate y goce del quehacer pictórico. Después de un mes en New York regresa a Argentina en 1982. Ese año expone en la Galería Jacques Martínez y en 1984 en la Galería “Del Retiro” de Julia Lublin, las dos galerías más importantes de arte contemporáneo en ese momento en Buenos Aires. Ese mismo año el reconocido historiador de arte argentino, radicado en Francia, Damián Bayón conoce la obra de Doffo y públicamente lo destaca como el artista joven más importante que descubrió en Argentina en esos años. El desarrollo de su obra se inserta en la problemática de los años '80, donde se da el quiebre de las vanguardias y donde se percibe un regreso a la pintura pero sin perder la herencia del arte conceptual. Su obra, donde diversas ideas sobre la vida, la muerte, las preguntas del hombre ante el universo son constantes en sus indagaciones visuales, fue señalada como perteneciente a la Generación del '80, pero resultando difícil de encasillar en relación a los modelos del arte norteamericano o europeo contemporáneos. También la labor de Juan Doffo fue destacada, en reiteradas ocasiones, como una mirada contemporánea y renovadora dentro de la tradición argentina del paisaje pampeano. En 1986, es invitado a realizar su primer muestra antológica (“Juan Doffo: resumen 1974/1986”) en la Fundación San Telmo, dirigida por el coleccionista Jorge Helft. Su trabajo va integrando aspectos regionales con aspectos universales del arte. Desde siempre su labor se reparte entre Buenos Aires y su pueblo natal, donde fusiona una mirada geográfica precisa con situaciones de la filosofía, la psicología, la política, la sexualidad, etc. Reflexiones sobre aspectos de la nueva ciencia de la Topología comienzan a percibirse en algunas estructuras de sus obras. Se siente muy cerca de los artistas del Land Art, de la espiritualidad de la obra cinematográfica de Andrei Tarkovsky, las video instalaciones de Bill Viola, la escultura de Anish Kapoor y Cornelia Parker, entre otros artistas.
En 1998 realiza en el Palais de Glace una muestra antológica titulada “Segundo Resumen 1987/1997” que abarcó diez años de labor. Por primera vez el artista mostró una retrospectiva de fotografías de gran formato, conjuntamente con los diez últimos años de pintura e instalaciones. La fotografía comenzó como herramienta puramente documental para su obra pictórica apenas llegado a Buenos Aires, pero lentamente fue adquiriendo vida independiente encontrando un lugar como medio expresivo dentro de su obra. En 2003, en el Centro Cultural Recoleta, presenta una importante exposición de fotoperformances realizada durante varios años junto a la gente de su pueblo, donde la simbología del fuego actuó como leitmotiv de sus grandes fotografías. En esa exposición, el artista logró construir un puente entre su imaginería personal con el sentimiento colectivo de la comunidad de su pueblo. En el año 2007 presenta una muestra de pinturas de gran formato en la Galería Rubbers y en 2008 le es otorgado el Primer Premio del Salón Nacional de Pintura y el Gran Premio Fundación María Calderón de la Barca.